კონფორმაციული ენტროპიის დაკარგვა არის მთავარი წვლილი ცილების დაკეცვის თერმოდინამიკაში თუმცა, რაოდენობის ზუსტი განსაზღვრა რთული აღმოჩნდა. ჩვენ ვიანგარიშებთ ამ დანაკარგს როგორც მშობლიური ცილის, ასევე რეალისტური დენატურირებული მდგომარეობის ანსამბლის მოლეკულური დინამიური სიმულაციების გამოყენებით.
რა არის კონფორმაციული ენტროპიის ცილა?
კონფორმაციული ენტროპია არის ენტროპია, რომელიც დაკავშირებულია მოლეკულის კონფორმაციების რაოდენობასთან. … ცილებში, ხერხემლის დიედრული კუთხეები და გვერდითი ჯაჭვის როტამერები ჩვეულებრივ გამოიყენება პარამეტრებად, ხოლო რნმ-ში შეიძლება გამოყენებულ იქნას ბაზის დაწყვილების ნიმუში.
რომელს აქვს უფრო დიდი კონფორმაციული ენტროპია დაკეცილი ცილა თუ გაშლილი?
პოლიპეპტიდური ჯაჭვის კონფორმაციული ენტროპია უფრო დიდია გაშლილი მდგომარეობისთვის შედარებით უფრო კომპაქტურ დაკეცილ მდგომარეობასთან შედარებით, რომელიც ხასიათდება ბევრად უფრო შეზღუდული კონფორმაციული სივრცით. ამიტომ, ეს წვლილი ასტაბილურებს გაშლილ მდგომარეობას (ΔSconf > 0).
რა განსაზღვრავს ცილის კონფორმაციას და რა პრობლემას უკავშირდება ცილის დაკეცვა?
პროტეინის პირველადი სტრუქტურა, მისი ხაზოვანი ამინომჟავების თანმიმდევრობა, განსაზღვრავს მის ბუნებრივ კონფორმაციას. სპეციფიკური ამინომჟავის ნარჩენები და მათი მდებარეობა პოლიპეპტიდურ ჯაჭვში არის განმსაზღვრელი ფაქტორები, რისთვისაც ცილის ნაწილები ერთმანეთთან მჭიდროდ იკეცება და ქმნიან მის სამგანზომილებიან კონფორმაციას.
რა ფაქტორები მოქმედებს ცილის დაკეცვაზე?
პროტეინის დაკეცვა არის ძალიან მგრძნობიარე პროცესი, რომელზეც გავლენას ახდენს რამდენიმე გარე ფაქტორი, მათ შორის ელექტრული და მაგნიტური ველები, ტემპერატურა, pH, ქიმიკატები, სივრცის შეზღუდვა და მოლეკულური ხალხმრავლობაეს ფაქტორები გავლენას ახდენენ პროტეინების უნარზე დაკეცონ თავიანთ სწორ ფუნქციურ ფორმებად.
