მრავალჯერადი თანმიმდევრობის გასწორება აწვდის მეტ ინფორმაციას, ვიდრე წყვილ-წყვილად, რადგან ისინი აჩვენებენ შენახულ რეგიონებს პროტეინის ოჯახში, რომლებსაც აქვთ სტრუქტურული და ფუნქციური მნიშვნელობა.
რა არის მრავალი მიმდევრობის გასწორების მიზანი?
ბიოლოგიური თანმიმდევრობების (რნმ, ცილები, დნმ) ნაკრების გათვალისწინებით, MSA მეთოდის მიზანია მიმდევრობების გასწორება ისე, რომ ასახავდეს მათ ევოლუციურ, ფუნქციურ ან სტრუქტურულ ურთიერთობას(სურათი 1).
როგორ ეხმარება მრავალი მიმდევრობის გასწორება ევოლუციაში?
შესწორებული თანმიმდევრობები გამოიყენება მრავალი მიზნით, მათ შორის განსხვავების ნიმუშების შეფასება, შერჩევა, ევოლუციური ცვლილების ტემპი და რეჟიმი, ფუნქციური ელემენტებისა და შეზღუდვების იდენტიფიკაცია და ფილოგენეტიკური ისტორია. მხოლოდ რამდენიმეს დასახელებისთვის.
არის მრავალი მიმდევრობის გასწორება?
მრავალჯერადი მიმდევრობის გასწორება (MSA) არის ზოგადად მსგავსი სიგრძის სამი ან მეტი ბიოლოგიური თანმიმდევრობის (ცილა ან ნუკლეინის მჟავა) გასწორება გამოსავლიდან შეიძლება გამოიტანოს ჰომოლოგია და ევოლუციური ურთიერთობები შესწავლილ მიმდევრობებს შორის. … ძალიან სწრაფი MSA ინსტრუმენტი, რომელიც კონცენტრირებულია ადგილობრივ რეგიონებზე.
როგორ წარმოიქმნება მრავალი მიმდევრობის გასწორება?
Clustal Omega ალგორითმი აწარმოებს მრავალჯერადი თანმიმდევრობის გასწორებას ჯერ აწარმოებს წყვილ-წყვილ გასწორებებს k-tuple მეთოდის გამოყენებით შემდეგ, მიმდევრობები გროვდება mBed მეთოდის გამოყენებით. ამას მოჰყვება k-means კლასტერიზაციის მეთოდი. სახელმძღვანელო ხე შემდეგში აგებულია UPGMA მეთოდის გამოყენებით.
