ჰომოლოგიის მოდელირება იღებს სამიზნე ცილის სამგანზომილებიან სტრუქტურას შაბლონისა და სამიზნე თანმიმდევრობების მსგავსების საფუძველზე და ეს ტექნიკა ეფექტურია მემბრანული ცილების შესწავლისას, რომელიც რთულია კრისტალიზება, როგორც GPCR, რადგან ის უზრუნველყოფს …-ის გაგების მაღალ ხარისხს
რა არის ჰომოლოგიური მოდელირება და რატომ არის საჭირო?
1.2.
ჰომოლოგიური მოდელირება არის ყველაზე ზუსტი გამოთვლითი მეთოდი საიმედო სტრუქტურული მოდელების შესაქმნელად და ჩვეულებრივ გამოიყენება მრავალ ბიოლოგიურ პროგრამაში. ჰომოლოგიური მოდელირება პროგნოზირებს მოთხოვნის ცილის 3D სტრუქტურას შაბლონის ცილების თანმიმდევრობით გასწორების გზით.
რა არის ჰომოლოგიური მოდელირების პრინციპი?
ჰომოლოგიის მოდელირება ასევე ცნობილია, როგორც შედარებითი მოდელირება პროგნოზირებს ცილის სტრუქტურებს ცნობილ სტრუქტურებთან მიმდევრობის ჰომოლოგიაზე დაყრდნობით. იგი ემყარება პრინციპს, რომ " თუ ორ ცილას აქვს საკმაოდ მაღალი თანმიმდევრობის მსგავსება, მათ სავარაუდოდ ექნებათ ძალიან მსგავსი სამგანზომილებიანი სტრუქტურები. "
რა არის კარგი ჰომოლოგიური მოდელირება?
თუ ჩვენ განვსაზღვრავთ "უაღრესად წარმატებულ ჰომოლოგიურ მოდელს", როგორც მას, რომელსაც აქვს <=2 Å rmsd ემპირიული სტრუქტურიდან, მაშინ შაბლონს უნდა ჰქონდეს >=60% მიმდევრობის იდენტურობა სამიზნესთან წარმატებისთვის. მაჩვენებელი >70% მაღალი თანმიმდევრობის იდენტობის დროსაც კი (60%-95%), ათიდან ერთ ჰომოლოგიურ მოდელს აქვს rmsd >5 Å წინააღმდეგ
ჩამოთვლილთაგან რომელია მართალი ჰომოლოგიური მოდელირების შესახებ?
ახსნა: როგორც სახელი გვთავაზობს, ჰომოლოგიური მოდელირება წინასწარმეტყველებს ცილის სტრუქტურებს მიმდევრობის ჰომოლოგიაზე დაფუძნებული ცნობილ სტრუქტურებთან ჰომოლოგიური მოდელირება აწარმოებს მთლიანად ატომის მოდელს, რომელიც დაფუძნებულია შაბლონის ცილებთან გასწორებაზე.… გასწორების საფეხურზე დაშვებული შეცდომები ვერ გამოსწორდება მოდელირების შემდეგ ნაბიჯებში.
